Từ ngày 12 tháng 10 năm 2007, trên Internet đã lan truyền đoạn video diễn viên Hoàng Thùy Linh (trong vai Vàng Anh Phần 2) quay cảnh quan hệ tình dục với một người bạn trai cũ mà cho đến thời điểm này cô mới tròn 20 tuổi. Người đã phát tán video này là 4 sinh viên người Hải Phòng. Đây là một cú sốc cho người hâm mộ và đến ngày 14 tháng 10 thì đạo diễn chương trình Nhật ký Vàng Anh đã chính thức tuyên bố sẽ tạm ngừng ghi hình loạt chương trình này[2].

Sự kiện này đã gây ra khá nhiều dư luận trái chiều, rất nhiều các học sinh "tuổi teen" đã lên tiếng xin tha thứ cho cô trong khi đó những người khác, nhất là các bậc phụ huynh, đã phê phán rất nghiêm khắc và đi xa hơn còn đòi cô phải có lời xin lỗi vì đã hủy hoại một chương trình mang tính giáo dục, định hướng cho lứa tuổi vị thành niên.

Ngày 14 tháng 10 năm 2007, Đài Truyền hình Việt Nam chính thức tuyên bố xác nhận sẽ ngừng phát sóng loạt chương trình Nhật ký Vàng Anh vĩnh viễn, mặc dù đã ghi hình 35 tập để phát trong 7 tuần tiếp theo. Tối 15 tháng 10, kênh VTV3 của Đài Truyền hình Việt Nam đã cho phát sóng một chương trình được coi là để chia tay Vàng Anh. Trong chương trình Hoàng Thuỳ Linh có nói: "Em cũng chỉ muốn có một đêm ngon giấc thôi, được cười trong bữa ăn với bố mẹ một cách vô tư như ngày xưa... Em không có tội!"[3]. Cũng cho rằng chương trình này đã gây ra khá nhiều phản cảm, báo Thanh niên điện tử viết: "Nhiều khán giả hi vọng đây sẽ là chương trình mà người trong cuộc giãi bày, nói tiếng nói chân thực, nhìn nhận nghiêm khắc chính bản thân mình của Thùy Linh. Nhưng không phải thế: lại là nước mắt, là những lời thanh minh, bao bọc, che chở, tha thứ quá ưu ái cho Thùy Linh"[4].

Về việc của Đài truyền hình Việt Nam (VTV) phát sóng chương trình kết thúc Nhật ký Vàng Anh. Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng nghiêm khắc phê bình lãnh đạo VTV đã cho phát sóng chương trình kết thúc Nhật ký Vàng Anh không có tác dụng giáo dục, gây phản ứng trong xã hội, làm ảnh hưởng không tốt đến uy tín của Đài truyền hình quốc gia.[5] Cũng chính vì vụ bê bối này mà Hoàng Thùy Linh đã bị cấm cửa ở các đài truyền hình quốc gia và không thể/không được đi hoạt động nữa. Tuy nhiên, từ khoảng năm 2013 trở lại, Hoàng Thùy Linh bắt đầu xuất hiện trên truyền hình với vai trò ca sĩ; ban đầu còn có xuất hiện hạn chế nhưng sau đó VTV đã cho phép cô lên sóng truyền hình sau nhiều năm vắng bóng. Mãi đến năm 2019, tận gần 12 năm sau, cô mới quay trở lại đóng phim với một tư cách là diễn viên và vào vai Lam Anh trong phim Mê Cung được phát sóng trên kênh VTV3.

Dù kết thúc, thế nhưng nội dung tóm tắt các tập tiếp theo của loạt chương trình vẫn được đăng lên báo Hoa Học Trò đều đặn hàng tuần.